协商离职后按公司要求提交离职申请，可能存在以下法律风险：1.协议效力被推翻的风险：若提交的离职申请写“个人原因离职”，公司可能主张您是单方主动离职，否定之前的协商协议，进而拒绝支付协议约定的经济补偿。例如：小王与公司协商离职并约定1万元补偿，后按公司要求提交“个人原因”离职申请，公司以此为由拒绝支付补偿，小王因无法证明申请是公司要求提交，仲裁时未能获得支持。2.离职证明内容不符的风险：若申请内容与协议冲突，公司可能在离职证明中写“个人原因离职”，影响您后续求职（部分公司会要求离职证明无“个人原因”等负面表述）。例如：小李协商离职后提交了“个人原因”申请，公司离职证明按申请内容填写，导致新公司认为小李是主动辞职而降低薪资offer。
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您提到的协商离职后公司要求提交离职申请的合法性，需依据《劳动合同法》第三十六条进行分析。《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条规定：“用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。”协商离职的核心是双方自愿达成解除合意，签订的解除协议已具备法律效力。若公司要求提交离职申请是为了完善内部流程，且申请内容与协议一致（如离职原因明确为“协商一致”），则不违反法律规定；但若申请内容与协议冲突（如将离职原因改为“个人原因”），则可能违背协商一致的原则，违反该法条中“双方协商一致”的核心要求，此时劳动者有权拒绝提交，以维护协议约定的权益。
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协商离职后处理公司要求提交离职申请时，需避免以下常见错误操作：1.盲目提交申请：未查看申请内容就直接提交，若申请中写“个人原因离职”，可能被公司作为您单方主动离职的证据，导致协议中约定的经济补偿被取消。2.拒绝沟通直接冲突：未与公司确认申请目的就直接拒绝，可能被公司以“不配合工作交接”为由拖延办理离职手续或扣发工资。3.未留存沟通证据：与公司沟通申请事宜时未保留书面记录（如口头沟通后无邮件确认），后续若发生纠纷，无法证明公司要求的申请内容与协议冲突。若您已出现上述错误操作或对公司要求存疑，建议尽快咨询专业律师，帮助您评估风险并采取补救措施。
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协商离职后公司要求提交离职申请的情况中，存在以下特殊情形会影响处理方式：1.协议未明确离职流程：若解除劳动合同协议中未约定“无需提交离职申请”，公司可能以内部制度为由要求提交，此时需确认申请内容是否与协议一致，若一致可配合，若不一致需协商修改。2.公司存在欺诈或胁迫：若公司以“不提交申请就不发放经济补偿”为由胁迫您提交与协议冲突的申请，此时提交的申请可能因“胁迫”被撤销，但需保留公司胁迫的证据（如聊天记录、录音）。3.系统申请是法定备案要求：部分地区或行业要求公司通过系统提交离职备案，此时提交申请仅为履行备案义务，不影响协议效力，但需确保申请内容与协议一致。

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